转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000830; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021489-RA_Salv SmilChr05G000830 NAC XP_057764550.1 MP00058 TACGTAAC

可能结合的靶基因

9855 个结合位点 7440 个候选靶基因 第 2 / 149 下载 TSV

上一页 2 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G002063 Chr08 NC_080394.1:18498267-18498274promoter 内 2222-2229 bp - 1772 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 18500046-18500604(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr05G001634 Chr05 NC_080391.1:15275826-15275833promoter 内 2099-2106 bp + 1895 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 15277728-15278583(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr03G001816 Chr03 NC_080389.1:24834311-24834318promoter 内 1921-1928 bp + 2073 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 24836391-24838682(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr01G004757 Chr01 NC_080387.1:65770155-65770162promoter 内 1885-1892 bp - 2109 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 65772271-65776936(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr07G003274 Chr07 NC_080393.1:34505562-34505569promoter 内 1786-1793 bp + 2208 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 34507777-34507862(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr01G002135 Chr01 NC_080387.1:37335833-37335840promoter 内 1755-1762 bp - 2239 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 37338079-37338807(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr07G004320 Chr07 NC_080393.1:55752929-55752936promoter 内 1513-1520 bp + 2481 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 55755417-55758736(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr02G003353 Chr02 NC_080388.1:54717138-54717145promoter 内 1489-1496 bp - 2505 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 54713003-54714633(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr07G002133 Chr07 NC_080393.1:19484342-19484349promoter 内 1481-1488 bp + 2513 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 19486862-19488835(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr02G004723 Chr02 NC_080388.1:69484072-69484079promoter 内 1464-1471 bp - 2530 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 69476382-69481542(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr07G003275 Chr07 NC_080393.1:34505562-34505569promoter 内 1461-1468 bp + 2533 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 34508102-34508186(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr03G002945 Chr03 NC_080389.1:46196710-46196717promoter 内 1434-1441 bp + 2560 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 46191717-46194150(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr03G002643 Chr03 NC_080389.1:42037582-42037589promoter 内 1337-1344 bp - 2657 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 42029806-42034925(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr07G003276 Chr07 NC_080393.1:34505562-34505569promoter 内 1299-1306 bp + 2695 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 34508264-34508352(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr01G004863 Chr01 NC_080387.1:66762848-66762855promoter 内 1216-1223 bp + 2778 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 66765633-66772172(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr07G001558 Chr07 NC_080393.1:12734798-12734805promoter 内 1208-1215 bp + 2786 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 12724709-12732012(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr07G004460 Chr07 NC_080393.1:57196934-57196941promoter 内 1179-1186 bp - 2815 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 57191371-57194119(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr05G002528 Chr05 NC_080391.1:28112732-28112739promoter 内 1133-1140 bp - 2861 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 28115600-28116492(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr03G004160 Chr03 NC_080389.1:60382342-60382349promoter 内 1113-1120 bp + 2881 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 60385230-60388493(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr01G002404 Chr01 NC_080387.1:41392996-41393003promoter 内 1090-1097 bp - 2904 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 41395907-41396679(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr02G001106 Chr02 NC_080388.1:19892892-19892899promoter 内 789-796 bp - 3205 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 19896104-19900667(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr04G002916 Chr04 NC_080390.1:45362854-45362861promoter 内 698-705 bp + 3296 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 45352813-45359558(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr02G002322 Chr02 NC_080388.1:40881543-40881550promoter 内 494-501 bp + 3500 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 40885050-40888334(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr02G004899 Chr02 NC_080388.1:71002140-71002147promoter 内 480-487 bp + 3514 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 71005661-71008497(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr08G001733 Chr08 NC_080394.1:14580948-14580955promoter 内 436-443 bp + 3558 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 14571580-14577390(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr02G004257 Chr02 NC_080388.1:64779547-64779554promoter 内 401-408 bp + 3593 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 64783147-64783219(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr07G004452 Chr07 NC_080393.1:57131508-57131515promoter 内 378-385 bp + 3616 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 57135131-57137874(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr06G002063 Chr06 NC_080392.1:27130508-27130515promoter 内 314-321 bp + 3680 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 27121943-27126828(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr02G000329 Chr02 NC_080388.1:4206426-4206433promoter 内 238-245 bp - 3756 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 4201138-4202670(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr02G000332 Chr02 NC_080388.1:4214414-4214421promoter 内 238-245 bp - 3756 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 4209441-4210658(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr03G003885 Chr03 NC_080389.1:57923358-57923365promoter 内 222-229 bp + 3772 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 57927137-57928793(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
SmilChr02G004135 Chr02 NC_080388.1:63596677-63596684promoter 内 175-182 bp - 3819 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 63600503-63600976(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr07G001346 Chr07 NC_080393.1:10418940-10418947promoter 内 157-164 bp + 3837 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 10413482-10415103(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr07G004702 Chr07 NC_080393.1:59910510-59910517promoter 内 151-158 bp - 3843 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 59914360-59918585(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr06G001134 Chr06 NC_080392.1:11394993-11395000promoter 内 45-52 bp + 3949 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 11387656-11391044(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG
SmilChr01G004811 Chr01 NC_080387.1:66311776-66311783promoter 内 3991-3998 bp + 3 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 66311786-66315489(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
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SmilChr02G001757 Chr02 NC_080388.1:32308569-32308576promoter 内 3867-3874 bp + 127 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 32308703-32310653(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 CACGTAAC
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SmilChr01G002958 Chr01 NC_080387.1:48451581-48451588promoter 内 3712-3719 bp - 282 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 2 48451870-48455831(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTG