转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 3 / 135 下载 TSV

上一页 3 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000119 Chr01 NC_080387.1:2041305-2041319promoter 内 2213-2227 bp - 1774 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 2037174-2039531(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTTTCCTTATCCAC
SmilChr02G002339 Chr02 NC_080388.1:41101281-41101295promoter 内 725-739 bp - 3262 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 41092098-41098019(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCAAATCTTATCCAC
SmilChr02G001974 Chr02 NC_080388.1:35723281-35723295promoter 内 253-267 bp - 3734 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 35718038-35719547(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAAATCCTTATCCAC
SmilChr02G002800 Chr02 NC_080388.1:48095458-48095472promoter 内 2438-2452 bp - 1549 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 12 48092925-48093909(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTATCCTTATCCTT
SmilChr02G002802 Chr02 NC_080388.1:48095646-48095660promoter 内 1488-1502 bp - 2499 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 12 48098159-48098990(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAGGATAAT
SmilChr02G000344 Chr02 NC_080388.1:4496412-4496426promoter 内 2524-2538 bp + 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 8 4492434-4494949(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAGGATAAT
SmilChr01G003049 Chr01 NC_080387.1:49459206-49459220promoter 内 1881-1895 bp - 2106 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 6 49452411-49457100(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTATCCTTATCCTT
SmilChr03G002592 Chr03 NC_080389.1:41227661-41227675promoter 内 2314-2328 bp - 1673 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 3 41229348-41233430(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCGGATAAGGTAAAG
SmilChr02G005301 Chr02 NC_080388.1:73961955-73961969promoter 内 772-786 bp + 3215 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 3 73956807-73958740(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGGTTCTG
SmilChr02G005374 Chr02 NC_080388.1:74421102-74421116promoter 内 3488-3502 bp + 499 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 74421615-74424248(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CATTACCTTATCCAA
SmilChr03G002018 Chr03 NC_080389.1:30190872-30190886promoter 内 3266-3280 bp - 721 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 30191607-30194001(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGGACGGG
SmilChr02G000852 Chr02 NC_080388.1:14506601-14506615promoter 内 3192-3206 bp - 795 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 14501828-14505806(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATAATCTTATCCTC
SmilChr02G000858 Chr02 NC_080388.1:14722616-14722630promoter 内 3179-3193 bp - 808 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 14717713-14721808(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATAATCTTATCCTC
SmilChr03G000244 Chr03 NC_080389.1:2905819-2905833promoter 内 2551-2565 bp + 1436 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 2901348-2904383(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAAGGATAAA
SmilChr03G000328 Chr03 NC_080389.1:3741915-3741929promoter 内 2124-2138 bp + 1863 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 3738629-3740052(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAAGGATAAA
SmilChr02G002428 Chr02 NC_080388.1:42266344-42266358promoter 内 2053-2067 bp - 1934 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 42268292-42268364(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGGTTCTG
SmilChr01G002290 Chr01 NC_080387.1:39740160-39740174promoter 内 1260-1274 bp - 2727 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 39735727-39737433(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTCAACCTTATCTTA
SmilChr02G005375 Chr02 NC_080388.1:74425123-74425137promoter 内 1182-1196 bp + 2805 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 74427942-74429920(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CATTACCTTATCCAA
SmilChr02G003852 Chr02 NC_080388.1:60294023-60294037promoter 内 688-702 bp + 3299 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 60290627-60290724(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGGTAATG
SmilChr02G005507 Chr02 NC_080388.1:75194606-75194620promoter 内 3579-3593 bp - 408 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 75195028-75198078(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGGTAATG
SmilChr01G004563 Chr01 NC_080387.1:63710454-63710468promoter 内 3201-3215 bp + 786 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 63708057-63709668(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGATTGAT
SmilChr01G005349 Chr01 NC_080387.1:70742103-70742117promoter 内 1755-1769 bp + 2232 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 70744349-70746037(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCCAACCTTATCCAT
SmilChr02G004793 Chr02 NC_080388.1:70134088-70134102promoter 内 1528-1542 bp - 2459 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 70129818-70131629(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTTATCTTATCCTC
SmilChr01G001672 Chr01 NC_080387.1:30846300-30846314promoter 内 994-1008 bp + 2993 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 30849307-30850327(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTCAATCTTATCCTC
SmilChr01G004742 Chr01 NC_080387.1:65613641-65613655promoter 内 166-180 bp + 3821 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 65603892-65609820(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAAGGATAAA
SmilChr01G000591 Chr01 NC_080387.1:12876853-12876867promoter 内 2911-2925 bp - 1076 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 3 12877943-12878883(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGGAAAAA
SmilChr01G004123 Chr01 NC_080387.1:59731132-59731146promoter 内 3409-3423 bp - 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 59731724-59733088(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAAGATAAGGATAAT
SmilChr02G004996 Chr02 NC_080388.1:71794419-71794433promoter 内 2762-2776 bp - 1225 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 71795658-71799342(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGATAAAG
SmilChr02G004653 Chr02 NC_080388.1:68962896-68962910promoter 内 2697-2711 bp + 1290 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 68959571-68961606(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGATTGAC
SmilChr02G000500 Chr02 NC_080388.1:6885007-6885021promoter 内 2680-2694 bp + 1307 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 6882747-6883700(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGGAATTG
SmilChr02G004654 Chr02 NC_080388.1:68962896-68962910promoter 内 2664-2678 bp + 1323 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 68964233-68967733(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTCAATCTTATCCAC
SmilChr01G006029 Chr01 NC_080387.1:75838648-75838662promoter 内 2285-2299 bp - 1702 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 75840364-75843979(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGGATAAA
SmilChr02G004998 Chr02 NC_080388.1:71802920-71802934promoter 内 1230-1244 bp - 2757 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 71805691-71809570(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGGAAGAT
SmilChr01G004121 Chr01 NC_080387.1:59731132-59731146promoter 内 210-224 bp - 3777 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 59724107-59727355(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTATCCTTATCTTC
SmilChr02G004510 Chr02 NC_080388.1:67622559-67622573promoter 内 165-179 bp + 3822 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 67626395-67631109(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTATCCTTATCTTC
SmilChr01G006028 Chr01 NC_080387.1:75838648-75838662promoter 内 3804-3818 bp - 183 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 75837700-75838465(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTATCCTTATCCAA
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SmilChr02G003704 Chr02 NC_080388.1:58528778-58528792promoter 内 3388-3402 bp + 599 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 58529391-58534339(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTATCCTTATCCTT
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SmilChr02G002735 Chr02 NC_080388.1:47288617-47288631promoter 内 1170-1184 bp + 2817 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 47291448-47294412(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTATCCTTATCCAA
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SmilChr02G002592 Chr02 NC_080388.1:45058671-45058685promoter 内 9-23 bp + 3978 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 1 45062663-45065211(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTATCCTTATCTTC