转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003114; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00015526-RA_Salv SmilChr04G003114 C2H2 XP_057809538.1 MP00592 AAGAAAACGACAAAAAA

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8519 个候选靶基因 第 54 / 171 下载 TSV

上一页 54 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002989 Chr03 NC_080389.1:46714897-46714913promoter 内 718-734 bp - 3267 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 46707875-46711630(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TGAAACACGACAAAAGC
SmilChr05G000668 Chr05 NC_080391.1:5106651-5106667promoter 内 678-694 bp - 3307 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 5100450-5103344(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 ATAAAAAGGACAAAAAT
SmilChr07G003359 Chr07 NC_080393.1:36119315-36119331promoter 内 649-665 bp + 3336 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 36122667-36123867(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TGGAAGACGACAAAGTT
SmilChr02G000374 Chr02 NC_080388.1:4748056-4748072promoter 内 583-599 bp - 3402 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 4741239-4744654(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TGGAAAGAGACAAAAAT
SmilChr01G004323 Chr01 NC_080387.1:61393202-61393218promoter 内 563-579 bp - 3422 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 61396640-61402054(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCTTCTATTT
SmilChr06G000335 Chr06 NC_080392.1:2510020-2510036promoter 内 555-571 bp - 3430 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 2513466-2521848(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 GTTTTTGTCTTATACGG
SmilChr08G003308 Chr08 NC_080394.1:34265350-34265366promoter 内 524-540 bp - 3461 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 34268827-34273915(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AGTTTTGTCTTATACTT
SmilChr01G001734 Chr01 NC_080387.1:31951476-31951492promoter 内 485-501 bp + 3500 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 31947087-31947976(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCCTTTATGT
SmilChr02G000219 Chr02 NC_080388.1:2849709-2849725promoter 内 482-498 bp - 3503 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 2853228-2855703(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCTTCATATG
SmilChr07G004441 Chr07 NC_080393.1:57056952-57056968promoter 内 459-475 bp + 3526 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 57053343-57053426(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TGTTTTGTCCTTTCTTA
SmilChr01G005699 Chr01 NC_080387.1:73256425-73256441promoter 内 447-463 bp - 3538 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 73247640-73252887(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AAATAAACGACAAATTA
SmilChr02G001936 Chr02 NC_080388.1:34771821-34771837promoter 内 419-435 bp - 3566 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 34767058-34768255(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 ATAAAAAGGACAAAAAT
SmilChr04G003115 Chr04 NC_080390.1:47701430-47701446promoter 内 412-428 bp - 3573 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 47705019-47707728(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCTGTTACTG
SmilChr01G003048 Chr01 NC_080387.1:49447313-49447329promoter 内 411-427 bp + 3574 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 49450903-49452158(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AACATAAGGACAAAAGC
SmilChr08G004215 Chr08 NC_080394.1:51527960-51527976promoter 内 318-334 bp + 3667 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 51521599-51524293(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TGTTTTGTCTTATATTG
SmilChr08G001674 Chr08 NC_080394.1:13965653-13965669promoter 内 236-252 bp + 3749 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 13956558-13961904(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 GTTTTTGTCTTTTCTTC
SmilChr02G004761 Chr02 NC_080388.1:69802750-69802766promoter 内 225-241 bp - 3760 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 69794445-69798990(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 ACAAAAACGACAAATTA
SmilChr04G001330 Chr04 NC_080390.1:21488683-21488699promoter 内 180-196 bp + 3805 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 21480745-21484878(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCGCATTGTA
SmilChr02G004779 Chr02 NC_080388.1:69968152-69968168promoter 内 140-156 bp + 3845 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 69960743-69964307(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCCTTTTAGA
SmilChr07G000962 Chr07 NC_080393.1:6945870-6945886promoter 内 126-142 bp - 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 6940541-6942011(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 GAGTATAAGACAAAAAC
SmilChr07G001527 Chr07 NC_080393.1:12326492-12326508promoter 内 72-88 bp - 3913 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 12314024-12322579(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TATAAGAAGACAAAATA
SmilChr04G003643 Chr04 NC_080390.1:52927896-52927912promoter 内 3274-3290 bp - 711 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 52928623-52931310(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCTTTTTTAC
SmilChr07G000386 Chr07 NC_080393.1:2587310-2587326promoter 内 2762-2778 bp - 1223 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 2588549-2590141(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TATTTTGTCGTTATTGC
SmilChr08G000623 Chr08 NC_080394.1:4653987-4654003promoter 内 3877-3893 bp + 108 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 4654111-4657233(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CCAAAAATGACAAAAAA
SmilChr07G001057 Chr07 NC_080393.1:7719781-7719797promoter 内 3796-3812 bp - 189 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 7718224-7719592(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TGTAAAAAGACAAAATC
SmilChr07G001631 Chr07 NC_080393.1:13671085-13671101promoter 内 3619-3635 bp - 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 13667965-13670719(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 AAAAATAGGACAAAAGA
SmilChr04G002984 Chr04 NC_080390.1:46262859-46262875promoter 内 3553-3569 bp - 432 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 46256742-46262427(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CAAAACACGACAAGAAA
SmilChr04G003945 Chr04 NC_080390.1:55046117-55046133promoter 内 3451-3467 bp - 534 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 55040290-55045583(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TCCAAAATGACAAAAAA
SmilChr08G002290 Chr08 NC_080394.1:21371892-21371908promoter 内 3438-3454 bp + 547 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 21369519-21371345(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCTTATTTTA
SmilChr01G002858 Chr01 NC_080387.1:47160250-47160266promoter 内 3293-3309 bp + 692 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 47160958-47163601(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TCGGAGAAGACAAAAAA
SmilChr07G002655 Chr07 NC_080393.1:25735819-25735835promoter 内 3102-3118 bp - 883 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 25729871-25734936(-) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 GAAATAAAGACAAAAAT
SmilChr01G001280 Chr01 NC_080387.1:25590748-25590764promoter 内 2918-2934 bp + 1067 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 25591831-25593134(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TATTTAACGACAAAAAT
SmilChr01G004764 Chr01 NC_080387.1:65833795-65833811promoter 内 2663-2679 bp - 1322 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 65835133-65838194(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 TAATTTGTCGTTATCCA
SmilChr08G003985 Chr08 NC_080394.1:48004863-48004879promoter 内 2535-2551 bp + 1450 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 48006329-48007984(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 GACAAAATGACAAAATA
SmilChr05G002663 Chr05 NC_080391.1:30133742-30133758promoter 内 2351-2367 bp - 1634 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 30135392-30136909(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 CTTTTTGTCTTTTTTAT
SmilChr08G003993 Chr08 NC_080394.1:48160916-48160932promoter 内 2349-2365 bp + 1636 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 48162568-48163938(+) SMil_00015526-RA_Salv MP00592 GACAAAATGACAAAATA
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