转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002075; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008328-RA_Salv SmilChr07G002075 C2H2 XP_057773918.1 MP00485 TTTTTTTTTGTCGTTTTCTG

可能结合的靶基因

8059 个结合位点 7130 个候选靶基因 第 70 / 143 下载 TSV

上一页 70 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G002290 Chr05 NC_080391.1:24703740-24703759promoter 内 566-585 bp - 3416 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 24707175-24708947(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CCATAAAGGACAAAAAAATC
SmilChr04G000011 Chr04 NC_080390.1:180967-180986promoter 内 500-519 bp - 3482 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 173483-177485(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AATTTTTTTGTCTTAATGTT
SmilChr08G001717 Chr08 NC_080394.1:14411878-14411897promoter 内 499-518 bp + 3483 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 14404920-14408395(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAATAAGCGACAAAAATGGA
SmilChr07G000266 Chr07 NC_080393.1:1716848-1716867promoter 内 427-446 bp + 3555 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 1720422-1724001(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TGTTTTTTTGTTTTTTTCTA
SmilChr02G004713 Chr02 NC_080388.1:69396735-69396754promoter 内 422-441 bp + 3560 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 69400314-69401812(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTATTTTTTGTCTTCTTAGA
SmilChr01G003048 Chr01 NC_080387.1:49447313-49447332promoter 内 411-430 bp - 3571 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 49450903-49452158(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AACATAAGGACAAAAGCTCG
SmilChr03G002094 Chr03 NC_080389.1:32355336-32355355promoter 内 409-428 bp - 3573 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 32358928-32362842(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GGGAAAAAAACAAAAAAAAA
SmilChr07G001181 Chr07 NC_080393.1:8953253-8953272promoter 内 358-377 bp + 3624 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 8947016-8949629(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAAAATAAGACAAAAATAGC
SmilChr01G003149 Chr01 NC_080387.1:50304871-50304890promoter 内 294-313 bp + 3688 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 50292902-50301183(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAAACGGACAAAATCCGC
SmilChr08G002560 Chr08 NC_080394.1:24903331-24903350promoter 内 148-167 bp - 3834 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 24907184-24911211(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GACAAAATGACAAAATACCC
SmilChr07G000962 Chr07 NC_080393.1:6945867-6945886promoter 内 126-145 bp + 3856 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 6940541-6942011(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GAGTATAAGACAAAAACACA
SmilChr05G001125 Chr05 NC_080391.1:9404307-9404326promoter 内 102-121 bp - 3880 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 9399158-9400427(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTAATTTTTGTCTTCAACTA
SmilChr07G002332 Chr07 NC_080393.1:21622138-21622157promoter 内 67-86 bp - 3915 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 21626072-21627482(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AACAAAAATACAAAAAAAAA
SmilChr04G001527 Chr04 NC_080390.1:25201662-25201681promoter 内 49-68 bp - 3933 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 25196647-25197729(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TAATGCTTTGTCGGTTTGTC
SmilChr01G001689 Chr01 NC_080387.1:31111332-31111351promoter 内 26-45 bp - 3956 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 31115307-31115858(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAAAAATACAAAAAAGAA
SmilChr01G004204 Chr01 NC_080387.1:60494971-60494990promoter 内 3199-3218 bp + 783 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 60495773-60497387(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GGAGGTTTTGTCGGGTTGCG
SmilChr01G005821 Chr01 NC_080387.1:74213000-74213019promoter 内 1820-1839 bp - 2162 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 74207215-74210838(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GATTCTTTTGTCTTATTATG
SmilChr01G002617 Chr01 NC_080387.1:44455225-44455244promoter 内 3610-3629 bp - 372 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 44448117-44454853(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GATTCTTTTGTCTTATTATG
SmilChr01G005056 Chr01 NC_080387.1:68489720-68489739promoter 内 3561-3580 bp + 421 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 68486364-68489299(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAAAAAATGACAAAATATTA
SmilChr01G002345 Chr01 NC_080387.1:40593330-40593349promoter 内 3340-3359 bp - 642 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 40590469-40592688(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAAGATTTTGTCCTTTTTCT
SmilChr06G000662 Chr06 NC_080392.1:5816874-5816893promoter 内 3257-3276 bp + 725 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 5815402-5816149(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CAATTCACGACAAAAAATAT
SmilChr07G001314 Chr07 NC_080393.1:10110726-10110745promoter 内 3111-3130 bp - 871 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 10111616-10113982(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AACGACAAGACAAAATAAAG
SmilChr02G001678 Chr02 NC_080388.1:31014808-31014827promoter 内 3041-3060 bp + 941 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 31015768-31017540(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GAATATTTTGTCATTTTGGG
SmilChr08G000772 Chr08 NC_080394.1:5689367-5689386promoter 内 2615-2634 bp - 1367 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 5686469-5688000(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTCAGTTTTGTCGTCTCATA
SmilChr07G000135 Chr07 NC_080393.1:806632-806651promoter 内 2525-2544 bp + 1457 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 808108-809797(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TAATATTTTGTCATTTTTTT
SmilChr04G003733 Chr04 NC_080390.1:53634460-53634479promoter 内 2474-2493 bp + 1508 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 53635987-53638582(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATTTTTTTTGTCATCTTTTC
SmilChr07G001313 Chr07 NC_080393.1:10110726-10110745promoter 内 2473-2492 bp - 1509 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 10106138-10109217(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CTTTATTTTGTCTTGTCGTT
SmilChr04G003583 Chr04 NC_080390.1:52261125-52261144promoter 内 2352-2371 bp - 1630 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 52256056-52259495(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TCGTATTTTGTCTTCATTCG
SmilChr07G000134 Chr07 NC_080393.1:806632-806651promoter 内 2330-2349 bp + 1652 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 802985-804980(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAAAAAATGACAAAATATTA
SmilChr02G002479 Chr02 NC_080388.1:43172903-43172922promoter 内 2288-2307 bp - 1694 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 43174616-43177389(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TATGAAAAGACAAAAAAGTA
SmilChr04G002763 Chr04 NC_080390.1:43392760-43392779promoter 内 2236-2255 bp + 1746 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 43394525-43397242(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ACACTTTTTGTCTTTTATTA
SmilChr02G005386 Chr02 NC_080388.1:74516374-74516393promoter 内 2093-2112 bp + 1889 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 74512208-74514485(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CCCAAAATGACAAAATATTC
SmilChr07G002819 Chr07 NC_080393.1:28238347-28238366promoter 内 1980-1999 bp - 2002 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 28234733-28236345(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTCACTTTTGTCATTTTGGT
SmilChr02G005499 Chr02 NC_080388.1:75137949-75137968promoter 内 1755-1774 bp + 2227 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 75140195-75145256(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTGTTTTTTGTTTTTTTGCT
SmilChr06G000603 Chr06 NC_080392.1:5208157-5208176promoter 内 1671-1690 bp - 2311 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 5210487-5211606(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CGAAAGATGACAAAAACAGC
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