转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G000943; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008897-RA_Salv SmilChr01G000943 MIKC_MADS XP_057790035.1 MP00508 CTTTCCTTTTTTGGAAAGT

可能结合的靶基因

7481 个结合位点 5979 个候选靶基因 第 88 / 120 下载 TSV

上一页 88 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G002239 Chr08 NC_080394.1:20544860-20544878promoter 内 3098-3116 bp + 885 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 20545763-20550075(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTCGAGGAATA
SmilChr02G002989 Chr02 NC_080388.1:50559406-50559424promoter 内 2907-2925 bp - 1076 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 50553903-50558330(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCTTATATGGCAAAA
SmilChr06G001807 Chr06 NC_080392.1:21243715-21243733promoter 内 2695-2713 bp + 1288 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 21245021-21245861(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCTTTTTTTGGCAGCA
SmilChr02G002928 Chr02 NC_080388.1:49678126-49678144promoter 内 2691-2709 bp - 1292 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 49676011-49676834(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCTTTTTTTGGCAGCA
SmilChr07G001572 Chr07 NC_080393.1:12966169-12966187promoter 内 2672-2690 bp + 1311 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 12959426-12964858(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTGCCATATAAGGAAAT
SmilChr08G003412 Chr08 NC_080394.1:36140867-36140885promoter 内 2567-2585 bp - 1416 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 36137833-36139451(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCTTATATGGCAAAA
SmilChr08G002125 Chr08 NC_080394.1:19120188-19120206promoter 内 2540-2558 bp + 1443 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 19116663-19118745(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 AGTATCCAAAAATGGCAAA
SmilChr04G003363 Chr04 NC_080390.1:50220968-50220986promoter 内 2343-2361 bp + 1640 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 50212442-50219328(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CATTTCCAAAAAAGGGAAT
SmilChr01G001369 Chr01 NC_080387.1:27038365-27038383promoter 内 2192-2210 bp - 1791 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 27040174-27042785(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TCTCTCCAAAAAGAGAAAG
SmilChr01G000731 Chr01 NC_080387.1:16269902-16269920promoter 内 2137-2155 bp + 1846 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 16265866-16268056(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTGCCATATAAGGAAAT
SmilChr02G004594 Chr02 NC_080388.1:68439982-68440000promoter 内 2109-2127 bp + 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 68441874-68453109(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 AATTCCTTTTTTAGAAAAT
SmilChr04G003696 Chr04 NC_080390.1:53330310-53330328promoter 内 2070-2088 bp + 1913 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 53332241-53333104(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCCTATTTTGGAAGAC
SmilChr01G005901 Chr01 NC_080387.1:74906464-74906482promoter 内 2022-2040 bp - 1961 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 74908443-74909244(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTGCCATATAAGGAAAT
SmilChr01G003617 Chr01 NC_080387.1:54700517-54700535promoter 内 1960-1978 bp + 2023 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 54702558-54706971(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCTTATATGGCAAAA
SmilChr02G001924 Chr02 NC_080388.1:34647992-34648010promoter 内 1859-1877 bp - 2124 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 34650134-34653116(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTACTGTAAAAGGAAAC
SmilChr08G001577 Chr08 NC_080394.1:12983758-12983776promoter 内 1853-1871 bp - 2130 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 12985906-12987609(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACTCCCAAAAAAGGAAAT
SmilChr02G005367 Chr02 NC_080388.1:74367892-74367910promoter 内 1706-1724 bp + 2277 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 74359181-74365615(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTGCCATATAAGGAAAT
SmilChr04G000596 Chr04 NC_080390.1:6668420-6668438promoter 内 1572-1590 bp - 2411 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 6670849-6671805(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTGCCATATAAGGAAAT
SmilChr05G003959 Chr05 NC_080391.1:53327702-53327720promoter 内 1538-1556 bp - 2445 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 53324242-53325257(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTATCCTTTTCTGGTAAAT
SmilChr07G004177 Chr07 NC_080393.1:53729135-53729153promoter 内 1471-1489 bp - 2512 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 53723650-53726623(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTGCCTCTTTTGGAAGTT
SmilChr02G003497 Chr02 NC_080388.1:56198791-56198809promoter 内 1454-1472 bp + 2529 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 56201338-56201897(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCCTTTTTGGGTACTA
SmilChr08G001608 Chr08 NC_080394.1:13320912-13320930promoter 内 1135-1153 bp - 2848 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 13317983-13318064(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CATTCCATTTTTGGAACGC
SmilChr05G001330 Chr05 NC_080391.1:11580573-11580591promoter 内 1129-1147 bp + 2854 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 11575943-11577719(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTGCCATATAAGGAAAT
SmilChr01G005900 Chr01 NC_080387.1:74906464-74906482promoter 内 1037-1055 bp - 2946 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 74901583-74903518(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCTTATATGGCAAAA
SmilChr05G000039 Chr05 NC_080391.1:185191-185209promoter 内 914-932 bp + 3069 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 178118-182122(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTAACCAAAAAAGGAAGC
SmilChr08G001315 Chr08 NC_080394.1:10501747-10501765promoter 内 792-810 bp + 3191 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 10504956-10511578(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCTTTTTTTGGAGAGT
SmilChr01G005593 Chr01 NC_080387.1:72576269-72576287promoter 内 704-722 bp + 3279 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 72572491-72572990(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACATACTGGAAAAGGAAAG
SmilChr04G003694 Chr04 NC_080390.1:53330310-53330328promoter 内 640-658 bp + 3343 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 53321489-53326967(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTCTTCCAAAATAGGAAAA
SmilChr05G002976 Chr05 NC_080391.1:36278651-36278669promoter 内 537-555 bp - 3446 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 36282115-36285098(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 AGTTTCCAAAACTAGAATT
SmilChr01G005760 Chr01 NC_080387.1:73705262-73705280promoter 内 504-522 bp + 3479 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 73700573-73701783(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTGCCATATAAGGAAAT
SmilChr04G000595 Chr04 NC_080390.1:6668420-6668438promoter 内 500-518 bp - 3483 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 6662870-6664937(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCTTATATGGCAAAA
SmilChr05G001223 Chr05 NC_080391.1:10255796-10255814promoter 内 444-462 bp + 3539 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 10259353-10262894(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCTTTTTAGGATTGA
SmilChr01G003936 Chr01 NC_080387.1:57668123-57668141promoter 内 355-373 bp - 3628 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 57663503-57664495(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTACCTTTTTAGGTAGGA
SmilChr02G000787 Chr02 NC_080388.1:12941585-12941603promoter 内 33-51 bp - 3950 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 12945553-12950874(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTGCCATATAAGGAAAT
SmilChr08G004185 Chr08 NC_080394.1:51264597-51264615promoter 内 23-41 bp - 3960 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 51268575-51278013(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 AAATTCCAAAATCAGAAAG
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