转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G004136; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000866-RA_Salv SmilChr04G004136 MYB XP_057806072.1 MP00627 TTACCTACCG

可能结合的靶基因

9835 个结合位点 8075 个候选靶基因 第 91 / 162 下载 TSV

上一页 91 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003329 Chr04 NC_080390.1:50013903-50013912promoter 内 3816-3825 bp + 176 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 50010495-50013727(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTTT
SmilChr02G005216 Chr02 NC_080388.1:73355483-73355492promoter 内 3799-3808 bp + 193 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 73355685-73358919(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AAACCTACCC
SmilChr01G001093 Chr01 NC_080387.1:22379513-22379522promoter 内 3791-3800 bp - 201 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 22379723-22397006(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTTT
SmilChr01G005483 Chr01 NC_080387.1:71792740-71792749promoter 内 3788-3797 bp - 204 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 71792953-71796786(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTTT
SmilChr02G004710 Chr02 NC_080388.1:69364958-69364967promoter 内 3788-3797 bp + 204 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 69363678-69364754(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGGTAGGTCA
SmilChr05G002486 Chr05 NC_080391.1:27530004-27530013promoter 内 3779-3788 bp - 213 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 27530226-27535460(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTTT
SmilChr02G000084 Chr02 NC_080388.1:1107854-1107863promoter 内 3778-3787 bp + 214 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 1108077-1110129(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AAACCTACCC
SmilChr02G002519 Chr02 NC_080388.1:43734711-43734720promoter 内 3776-3785 bp - 216 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 43728294-43734495(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AAACCTACCC
SmilChr02G000463 Chr02 NC_080388.1:6217133-6217142promoter 内 3768-3777 bp - 224 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 6211368-6216909(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AAACCTACCC
SmilChr07G003026 Chr07 NC_080393.1:31302717-31302726promoter 内 3767-3776 bp + 225 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 31300441-31302492(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTTT
SmilChr01G002136 Chr01 NC_080387.1:37344195-37344204promoter 内 3757-3766 bp + 235 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 37344439-37346896(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AAACCTACCC
SmilChr06G000123 Chr06 NC_080392.1:867233-867242promoter 内 3756-3765 bp + 236 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 867478-872453(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AAACCTACCC
SmilChr03G004214 Chr03 NC_080389.1:60726984-60726993promoter 内 3754-3763 bp + 238 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 60723482-60726746(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTTT
SmilChr02G003269 Chr02 NC_080388.1:53943209-53943218promoter 内 3738-3747 bp + 254 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 53943472-53945305(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AAACCTACCC
SmilChr04G001430 Chr04 NC_080390.1:23317929-23317938promoter 内 3716-3725 bp + 276 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 23318214-23327528(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AAACCTACCC
SmilChr07G001939 Chr07 NC_080393.1:16789447-16789456promoter 内 3693-3702 bp - 299 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 16789755-16795282(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTTT
SmilChr04G002145 Chr04 NC_080390.1:34485113-34485122promoter 内 3682-3691 bp + 310 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 34485432-34490275(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AAACCTACCC
SmilChr01G005030 Chr01 NC_080387.1:68253465-68253474promoter 内 3676-3685 bp + 316 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 68252373-68253149(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTTT
SmilChr05G002982 Chr05 NC_080391.1:36347477-36347486promoter 内 3653-3662 bp + 339 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 36347825-36350966(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AAACCTACCC
SmilChr04G001412 Chr04 NC_080390.1:22984645-22984654promoter 内 3651-3660 bp - 341 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 22984995-22985894(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTTT
SmilChr04G000132 Chr04 NC_080390.1:1143386-1143395promoter 内 3637-3646 bp + 355 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 1135253-1143031(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTTT
SmilChr04G001559 Chr04 NC_080390.1:25876145-25876154promoter 内 3603-3612 bp - 389 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 25871137-25875756(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AAACCTACCC
SmilChr04G001937 Chr04 NC_080390.1:31494436-31494445promoter 内 3576-3585 bp + 416 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 31494861-31497715(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AAACCTACCC
SmilChr03G001718 Chr03 NC_080389.1:23048011-23048020promoter 内 3575-3584 bp + 417 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 23048437-23049338(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AAACCTACCC
SmilChr06G000209 Chr06 NC_080392.1:1413810-1413819promoter 内 3574-3583 bp - 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 1414237-1418527(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTTT
SmilChr01G005592 Chr01 NC_080387.1:72568764-72568773promoter 内 3557-3566 bp + 435 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 72569208-72572399(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AAACCTACCC
SmilChr02G003976 Chr02 NC_080388.1:62022950-62022959promoter 内 3548-3557 bp + 444 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 62023403-62027692(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AAACCTACCC
SmilChr06G000834 Chr06 NC_080392.1:7839495-7839504promoter 内 3546-3555 bp + 446 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 7836825-7839049(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTTT
SmilChr01G004341 Chr01 NC_080387.1:61582250-61582259promoter 内 3544-3553 bp + 448 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 61582707-61585261(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AAACCTACCC
SmilChr02G003125 Chr02 NC_080388.1:52248165-52248174promoter 内 3542-3551 bp - 450 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 52244355-52247715(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGACCTACCA
SmilChr06G000470 Chr06 NC_080392.1:3832343-3832352promoter 内 3542-3551 bp + 450 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 3827931-3831893(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTTT
SmilChr02G004830 Chr02 NC_080388.1:70402570-70402579promoter 内 3531-3540 bp - 461 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 70403040-70416313(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTTT
SmilChr01G005358 Chr01 NC_080387.1:70801330-70801339promoter 内 3523-3532 bp - 469 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 70801808-70804098(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 GGGTAGGTTT
SmilChr01G000673 Chr01 NC_080387.1:14872745-14872754promoter 内 3519-3528 bp - 473 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 14871104-14872272(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGACCTACCA
SmilChr06G002382 Chr06 NC_080392.1:34645180-34645189promoter 内 3518-3527 bp + 474 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 34645663-34646493(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TGACCTACCA
SmilChr05G000445 Chr05 NC_080391.1:3387076-3387085promoter 内 3509-3518 bp - 483 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 3379568-3386593(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 AAACCTACCC
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