转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000830; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021489-RA_Salv SmilChr05G000830 NAC XP_057764550.1 MP00058 TACGTAAC

可能结合的靶基因

9855 个结合位点 7440 个候选靶基因 第 131 / 149 下载 TSV

上一页 131 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002516 Chr01 NC_080387.1:43113002-43113009promoter 内 2445-2452 bp - 1549 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 43108249-43111453(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr01G004490 Chr01 NC_080387.1:63035128-63035135promoter 内 2445-2452 bp + 1549 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 63036684-63038569(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr01G000927 Chr01 NC_080387.1:19661483-19661490promoter 内 2444-2451 bp - 1550 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 19658453-19659933(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr07G000230 Chr07 NC_080393.1:1490654-1490661promoter 内 2442-2449 bp - 1552 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 1492213-1495701(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr03G000711 Chr03 NC_080389.1:7892212-7892219promoter 内 2436-2443 bp + 1558 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 7893777-7896454(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr05G003305 Chr05 NC_080391.1:43323092-43323099promoter 内 2436-2443 bp - 1558 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 43319960-43321534(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr01G003831 Chr01 NC_080387.1:56641807-56641814promoter 内 2431-2438 bp - 1563 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 56637261-56640244(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr06G000364 Chr06 NC_080392.1:2773561-2773568promoter 内 2431-2438 bp + 1563 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 2775131-2783777(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr04G003339 Chr04 NC_080390.1:50062220-50062227promoter 内 2427-2434 bp + 1567 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 50063794-50066373(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr08G000409 Chr08 NC_080394.1:2876817-2876824promoter 内 2423-2430 bp - 1571 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 2864715-2875246(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr02G004681 Chr02 NC_080388.1:69136109-69136116promoter 内 2420-2427 bp - 1574 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 69137690-69140701(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr05G000941 Chr05 NC_080391.1:7599333-7599340promoter 内 2419-2426 bp - 1575 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 7591540-7597758(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr04G000192 Chr04 NC_080390.1:1711388-1711395promoter 内 2415-2422 bp - 1579 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 1706246-1709809(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr05G003730 Chr05 NC_080391.1:50412311-50412318promoter 内 2409-2416 bp + 1585 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 50413903-50416557(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr02G004354 Chr02 NC_080388.1:65826071-65826078promoter 内 2408-2415 bp + 1586 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 65821840-65824485(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr03G004234 Chr03 NC_080389.1:60862751-60862758promoter 内 2408-2415 bp + 1586 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 60858870-60861165(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr05G004343 Chr05 NC_080391.1:57067422-57067429promoter 内 2404-2411 bp - 1590 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 57069019-57072858(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr05G003614 Chr05 NC_080391.1:48252919-48252926promoter 内 2402-2409 bp - 1592 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 48241781-48251327(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr07G000670 Chr07 NC_080393.1:4555541-4555548promoter 内 2402-2409 bp - 1592 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 4549154-4553949(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr04G003699 Chr04 NC_080390.1:53355518-53355525promoter 内 2400-2407 bp - 1594 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 53352094-53353924(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr03G001434 Chr03 NC_080389.1:17024487-17024494promoter 内 2393-2400 bp - 1601 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 17026095-17027142(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr01G003144 Chr01 NC_080387.1:50268246-50268253promoter 内 2391-2398 bp + 1603 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 50269856-50275081(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr06G000635 Chr06 NC_080392.1:5606319-5606326promoter 内 2387-2394 bp + 1607 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 5607933-5612560(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr02G001771 Chr02 NC_080388.1:32478913-32478920promoter 内 2385-2392 bp + 1609 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 32472307-32477304(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr05G002726 Chr05 NC_080391.1:31374591-31374598promoter 内 2382-2389 bp - 1612 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 31365220-31372979(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr08G002730 Chr08 NC_080394.1:26937941-26937948promoter 内 2375-2382 bp + 1619 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 26935693-26936322(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr05G001004 Chr05 NC_080391.1:8217193-8217200promoter 内 2373-2380 bp - 1621 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 8209457-8215572(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr05G000630 Chr05 NC_080391.1:4749804-4749811promoter 内 2372-2379 bp - 1622 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 4751433-4755511(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr06G001574 Chr06 NC_080392.1:17194744-17194751promoter 内 2371-2378 bp - 1623 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 17196374-17199286(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr02G003442 Chr02 NC_080388.1:55701227-55701234promoter 内 2360-2367 bp - 1634 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 55696078-55699593(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr05G001219 Chr05 NC_080391.1:10225390-10225397promoter 内 2359-2366 bp - 1635 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 10222376-10223755(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr05G000256 Chr05 NC_080391.1:1962859-1962866promoter 内 2355-2362 bp + 1639 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 1949622-1961220(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr07G000957 Chr07 NC_080393.1:6892857-6892864promoter 内 2351-2358 bp - 1643 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 6894507-6896271(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr05G003555 Chr05 NC_080391.1:47461925-47461932promoter 内 2349-2356 bp - 1645 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 47456353-47460280(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
SmilChr03G001864 Chr03 NC_080389.1:25755434-25755441promoter 内 2344-2351 bp + 1650 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 25749931-25753784(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TTTACGTA
SmilChr04G003060 Chr04 NC_080390.1:47179259-47179266promoter 内 2333-2340 bp - 1661 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 47175323-47177598(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAA
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