转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023584-RA_Salv SmilChr05G001518 WRKY XP_057765511.1 MP00455 AACGTTGACTATT

可能结合的靶基因

9792 个结合位点 6900 个候选靶基因 第 2 / 138 下载 TSV

上一页 2 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002072 Chr01 NC_080387.1:36627420-36627432promoter 内 2836-2848 bp - 1153 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 1 36628585-36629689(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATCGGTCAACGGC
SmilChr02G005193 Chr02 NC_080388.1:73208557-73208569promoter 内 2150-2162 bp + 1839 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 1 73203421-73206718(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCAGGTCAACGTC
SmilChr03G001565 Chr03 NC_080389.1:19789737-19789749promoter 内 1572-1584 bp + 2417 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 1 19787214-19787320(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCAGGTCAACGCC
SmilChr03G001681 Chr03 NC_080389.1:22159002-22159014promoter 内 1040-1052 bp - 2949 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 1 22161963-22169280(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GATGGTCAACGGC
SmilChr02G005195 Chr02 NC_080388.1:73208557-73208569promoter 内 696-708 bp + 3293 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 1 73211862-73215804(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GACGTTGACCTGG
SmilChr01G002241 Chr01 NC_080387.1:38959425-38959437promoter 内 618-630 bp - 3371 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 1 38953107-38956054(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCCGTTGACCGAT
SmilChr03G002647 Chr03 NC_080389.1:42110472-42110484promoter 内 121-133 bp + 3868 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 1 42114352-42115532(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCCGTTGACCGAT
SmilChr02G002575 Chr02 NC_080388.1:44767011-44767023promoter 内 2706-2718 bp - 1283 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 44763248-44765728(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GACGTTGACCATT
SmilChr03G001790 Chr03 NC_080389.1:24424058-24424070promoter 内 777-789 bp - 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 2 24427282-24429690(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GACGGTCAACGGC
SmilChr03G004465 Chr03 NC_080389.1:62720664-62720676promoter 内 2745-2757 bp + 1244 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 62715292-62719420(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GACGGTCAACGGC
SmilChr03G001787 Chr03 NC_080389.1:24424058-24424070promoter 内 1014-1026 bp - 2975 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 24420571-24421083(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCCGTTGACCGTC
SmilChr03G001785 Chr03 NC_080389.1:24424058-24424070promoter 内 146-158 bp - 3843 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.9/ 100 1 24417664-24420215(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GCCGTTGACCGTC
SmilChr02G004627 Chr02 NC_080388.1:68767565-68767577promoter 内 3574-3586 bp + 415 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 2 68763865-68767150(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CCAAGTCAACGCT
SmilChr03G001835 Chr03 NC_080389.1:25183274-25183286promoter 内 1654-1666 bp + 2335 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 2 25179806-25180939(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAAGGTCAACGCA
SmilChr03G002566 Chr03 NC_080389.1:40847417-40847429promoter 内 309-321 bp - 3680 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 2 40851109-40856192(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAAGGTCAACGCA
SmilChr03G001021 Chr03 NC_080389.1:11815961-11815973promoter 内 3201-3213 bp + 788 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 11814058-11815173(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAAGGTCAACGCA
SmilChr01G001332 Chr01 NC_080387.1:26504181-26504193promoter 内 2701-2713 bp + 1288 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 26505481-26508040(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCGTTGACCGGA
SmilChr03G001141 Chr03 NC_080389.1:13138763-13138775promoter 内 2327-2339 bp - 1662 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 13140437-13141153(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCTGGTCAACGGT
SmilChr03G001140 Chr03 NC_080389.1:13138763-13138775promoter 内 828-840 bp - 3161 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 13130690-13135602(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCGTTGACCAGA
SmilChr02G000158 Chr02 NC_080388.1:2037599-2037611promoter 内 658-670 bp - 3331 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 2040942-2043017(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CATGGTCAACGGA
SmilChr01G005346 Chr01 NC_080387.1:70700395-70700407promoter 内 2338-2350 bp - 1651 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 7 70702058-70714857(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CAAAGTCAACGCT
SmilChr03G003963 Chr03 NC_080389.1:58675511-58675523promoter 内 2795-2807 bp + 1194 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 3 58676717-58685649(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCGTTGACTTTG
SmilChr02G003320 Chr02 NC_080388.1:54465959-54465971promoter 内 1965-1977 bp - 2024 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 3 54458988-54463935(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCGTTGACCATA
SmilChr02G003321 Chr02 NC_080388.1:54465959-54465971promoter 内 3322-3334 bp - 667 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 54466638-54472850(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TATGGTCAACGGT
SmilChr03G001170 Chr03 NC_080389.1:13457456-13457468promoter 内 2185-2197 bp + 1804 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 13459272-13460810(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCGTTGACTATT
SmilChr01G003024 Chr01 NC_080387.1:49299262-49299274promoter 内 1640-1652 bp + 2349 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 49291554-49296913(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TAAGGTCAACGGT
SmilChr02G000235 Chr02 NC_080388.1:3014264-3014276promoter 内 3819-3831 bp - 170 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 3014446-3015135(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAAGGTCAACGGA
SmilChr02G001182 Chr02 NC_080388.1:21732331-21732343promoter 内 2731-2743 bp + 1258 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 21733601-21734524(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCGTTGACTTGT
SmilChr02G000234 Chr02 NC_080388.1:3014264-3014276promoter 内 2404-2416 bp - 1585 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 3011464-3012679(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCCGTTGACCTTT
SmilChr02G000582 Chr02 NC_080388.1:8381009-8381021promoter 内 2309-2321 bp - 1680 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 8382701-8383882(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACAAGTCAACGCT
SmilChr03G001951 Chr03 NC_080389.1:27829016-27829028promoter 内 2245-2257 bp + 1744 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 27830772-27838316(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCGTTGACTTGT
SmilChr01G004833 Chr01 NC_080387.1:66459798-66459810promoter 内 1968-1980 bp + 2021 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 66461831-66464241(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCGTTGACTAGT
SmilChr02G000233 Chr02 NC_080388.1:3014264-3014276promoter 内 213-225 bp - 3776 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 1 3006992-3010488(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 TCCGTTGACCTTT
SmilChr01G001065 Chr01 NC_080387.1:22009498-22009510promoter 内 2037-2049 bp - 1952 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 4 22002683-22007546(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCGTTGACTTTT
SmilChr03G000292 Chr03 NC_080389.1:3343906-3343918promoter 内 1075-1087 bp + 2914 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 4 3337044-3340992(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCAGTCAACGGT
SmilChr01G005252 Chr01 NC_080387.1:70034012-70034024promoter 内 3877-3889 bp - 112 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 3 70034136-70036176(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ATCGGTCAACGGT
SmilChr02G000303 Chr02 NC_080388.1:3833951-3833963promoter 内 3697-3709 bp + 292 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 3 3834255-3838689(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCGTTGACTGGT
SmilChr03G000580 Chr03 NC_080389.1:6434792-6434804promoter 内 3574-3586 bp + 415 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 3 6435219-6437864(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCGTTGACCGAG
SmilChr01G000971 Chr01 NC_080387.1:20582250-20582262promoter 内 2764-2776 bp + 1225 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 3 20571972-20581025(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAAAGTCAACGGT
SmilChr02G000302 Chr02 NC_080388.1:3833951-3833963promoter 内 1830-1842 bp + 2159 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 3 3828212-3831792(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCAGTCAACGGT
SmilChr01G005251 Chr01 NC_080387.1:70034012-70034024promoter 内 1326-1338 bp - 2663 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 3 70029323-70031349(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCGTTGACCGAT
SmilChr03G002958 Chr03 NC_080389.1:46349606-46349618promoter 内 3507-3519 bp + 482 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 46350100-46352683(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCGTTGACTTTT
SmilChr02G003402 Chr02 NC_080388.1:55163602-55163614promoter 内 2031-2043 bp + 1958 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 55165572-55168835(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 GTCGTTGACCTTG
SmilChr02G003060 Chr02 NC_080388.1:51413159-51413171promoter 内 1093-1105 bp + 2896 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 51388125-51410263(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AAAAGTCAACGGT
SmilChr01G002358 Chr01 NC_080387.1:40754081-40754093promoter 内 889-901 bp + 3100 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 40757193-40758131(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCGTTGACTTTT
SmilChr01G002109 Chr01 NC_080387.1:37155049-37155061promoter 内 374-386 bp + 3615 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 37148586-37151434(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 CTCGGTCAACGGT
SmilChr02G000666 Chr02 NC_080388.1:10230314-10230326promoter 内 2388-2400 bp + 1601 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 10231927-10233018(+) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 ACCGTTGACTGGT
SmilChr02G001688 Chr02 NC_080388.1:31114622-31114634promoter 内 1508-1520 bp - 2481 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 31111086-31112141(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCGTTGACTTTT
SmilChr02G001687 Chr02 NC_080388.1:31114622-31114634promoter 内 247-259 bp - 3742 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 31109680-31110880(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AGCGTTGACTTTT
SmilChr02G004577 Chr02 NC_080388.1:68273938-68273950promoter 内 2810-2822 bp - 1179 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 4 68262909-68272759(-) SMil_00023584-RA_Salv MP00455 AACGTTGACCTTG