转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004552; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011094-RA_Salv SmilChr01G004552 bZIP XP_057786668.1 MP00409 AATGGACACGTGGCA

可能结合的靶基因

8429 个结合位点 6252 个候选靶基因 第 27 / 126 下载 TSV

上一页 27 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002798 Chr03 NC_080389.1:44481133-44481147promoter 内 3835-3849 bp + 152 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 44481299-44481996(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TCAGATGACGTGGCA
SmilChr07G003463 Chr07 NC_080393.1:38703959-38703973promoter 内 3677-3691 bp + 310 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 38704283-38711397(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CCTTGTCACGTGGCA
SmilChr08G001170 Chr08 NC_080394.1:9365685-9365699promoter 内 3215-3229 bp + 772 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 9366471-9367551(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATGCGCGACGTGGCA
SmilChr07G000949 Chr07 NC_080393.1:6798699-6798713promoter 内 3148-3162 bp + 839 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 6799552-6802055(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GCAAGTGACGTGGCA
SmilChr06G000726 Chr06 NC_080392.1:6688447-6688461promoter 内 3112-3126 bp + 875 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 6689336-6691770(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGGCGCGACGTGGCA
SmilChr03G000017 Chr03 NC_080389.1:179028-179042promoter 内 3047-3061 bp + 940 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 179982-182569(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GAATGACACGTGGCC
SmilChr01G003476 Chr01 NC_080387.1:53309259-53309273promoter 内 2837-2851 bp - 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 53305459-53308109(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CAAAGACACGTGGCA
SmilChr08G000787 Chr08 NC_080394.1:5808036-5808050promoter 内 2753-2767 bp + 1234 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 5802314-5806802(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCTTAACT
SmilChr02G001828 Chr02 NC_080388.1:33298562-33298576promoter 内 2738-2752 bp - 1249 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 33299825-33301518(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCCACGTGTCATTC
SmilChr06G000563 Chr06 NC_080392.1:4799733-4799747promoter 内 2735-2749 bp - 1252 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 4800999-4802517(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGAGCTGC
SmilChr06G000564 Chr06 NC_080392.1:4799733-4799747promoter 内 2723-2737 bp - 1264 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 4801011-4801113(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGAGCTGC
SmilChr03G002800 Chr03 NC_080389.1:44481133-44481147promoter 内 2527-2541 bp + 1460 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 44482607-44483331(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TCAGATGACGTGGCA
SmilChr02G004892 Chr02 NC_080388.1:70962181-70962195promoter 内 2423-2437 bp - 1564 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 70959676-70960617(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TCCGGTCACGTGGCG
SmilChr06G001551 Chr06 NC_080392.1:16880606-16880620promoter 内 2184-2198 bp - 1803 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 16875685-16878803(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GAATGACACGTGGCC
SmilChr01G003827 Chr01 NC_080387.1:56604057-56604071promoter 内 1728-1742 bp + 2259 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 56599963-56601798(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTCGTCTTC
SmilChr08G000788 Chr08 NC_080394.1:5808036-5808050promoter 内 949-963 bp + 3038 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 5811088-5815369(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGTTAAGACGTGGCA
SmilChr03G001122 Chr03 NC_080389.1:12916610-12916624promoter 内 922-936 bp + 3065 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 12919689-12925466(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GTAGAACACGTGTCA
SmilChr07G003891 Chr07 NC_080393.1:48731728-48731742promoter 内 912-926 bp + 3075 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 48727613-48728653(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTCTGCTCA
SmilChr01G001308 Chr01 NC_080387.1:26030057-26030071promoter 内 467-481 bp + 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 26033591-26035663(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TATCGCGACGTGGCA
SmilChr02G004894 Chr02 NC_080388.1:70962181-70962195promoter 内 432-446 bp - 3555 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 70965750-70969187(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGACCGGA
SmilChr02G004891 Chr02 NC_080388.1:70962181-70962195promoter 内 419-433 bp - 3568 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 70957290-70958613(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TCCGGTCACGTGGCG
SmilChr06G001479 Chr06 NC_080392.1:15760925-15760939promoter 内 369-383 bp + 3618 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 15755666-15757307(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCCACGTGTCATTC
SmilChr04G001372 Chr04 NC_080390.1:22312275-22312289promoter 内 257-271 bp + 3730 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 22316019-22316921(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GAGCGACACGTGGCG
SmilChr04G003605 Chr04 NC_080390.1:52520321-52520335promoter 内 225-239 bp - 3762 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 52515660-52516559(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGGGACCACGTGGCG
SmilChr02G003838 Chr02 NC_080388.1:60072628-60072642promoter 内 208-222 bp - 3779 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 60067055-60068849(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GTAGAACACGTGTCA
SmilChr04G003790 Chr04 NC_080390.1:54075689-54075703promoter 内 24-38 bp + 3963 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.8/ 100 1 54079666-54080493(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCGATCACGTGGCA
SmilChr05G002080 Chr05 NC_080391.1:21740666-21740680promoter 内 3699-3713 bp - 288 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 4 21740968-21743967(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCAACACT
SmilChr08G001058 Chr08 NC_080394.1:8138587-8138601promoter 内 3914-3928 bp - 73 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 8137623-8138514(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TAAAGCGACGTGGCA
SmilChr08G001022 Chr08 NC_080394.1:7756537-7756551promoter 内 3906-3920 bp - 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 7755571-7756456(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TAAAGCGACGTGGCA
SmilChr05G004207 Chr05 NC_080391.1:55965435-55965449promoter 内 1368-1382 bp - 2619 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 3 55961538-55962816(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGTGATCACGTGGCG
SmilChr03G003729 Chr03 NC_080389.1:56327199-56327213promoter 内 3941-3955 bp - 46 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 56327259-56331090(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCCACGTGTCACTC
SmilChr04G002700 Chr04 NC_080390.1:42496071-42496085promoter 内 2893-2907 bp + 1094 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 42490581-42494977(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCACACGA
SmilChr08G004531 Chr08 NC_080394.1:54874785-54874799promoter 内 2804-2818 bp - 1183 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 54875982-54878235(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTCGCTACC
SmilChr03G004527 Chr03 NC_080389.1:63313227-63313241promoter 内 2409-2423 bp - 1578 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 63314819-63318265(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGGCGGTC
SmilChr01G003642 Chr01 NC_080387.1:54923407-54923421promoter 内 2358-2372 bp + 1629 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 54919370-54921778(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTGTTACAC
SmilChr01G003644 Chr01 NC_080387.1:54923407-54923421promoter 内 2287-2301 bp + 1700 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 54925121-54932996(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GTGTAACACGTGGCA
SmilChr02G002241 Chr02 NC_080388.1:39756736-39756750promoter 内 2215-2229 bp + 1772 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 39758522-39774632(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TAAGGACACGTGGCT
SmilChr04G002684 Chr04 NC_080390.1:42290356-42290370promoter 内 1793-1807 bp + 2194 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 42285729-42288162(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGACACGTGTCTATC
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SmilChr07G002445 Chr07 NC_080393.1:22949439-22949453promoter 内 949-963 bp + 3038 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 22952491-22955251(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATGTGCCACGTGGCG
SmilChr03G004526 Chr03 NC_080389.1:63313227-63313241promoter 内 701-715 bp - 3286 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 63307850-63309941(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GACCGCCACGTGGCA
SmilChr06G000499 Chr06 NC_080392.1:4104990-4105004promoter 内 73-87 bp - 3914 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 4100519-4101076(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGATCCCACGTGGCA
SmilChr01G003643 Chr01 NC_080387.1:54923407-54923421promoter 内 3978-3992 bp + 9 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 54923430-54924421(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GTGTAACACGTGGCA
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