转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003117; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008316-RA_Salv SmilChr04G003117 C2H2 XP_057809539.1 MP00592 AAGAAAACGACAAAAAA

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8519 个候选靶基因 第 104 / 171 下载 TSV

上一页 104 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001116 Chr03 NC_080389.1:12874232-12874248promoter 内 1707-1723 bp - 2278 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 12876526-12881055(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGATTTGTCGTGTAGCT
SmilChr02G004751 Chr02 NC_080388.1:69700352-69700368promoter 内 1704-1720 bp - 2281 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 69702649-69704762(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GATTTTGTCCCTTTCCT
SmilChr06G003218 Chr06 NC_080392.1:44947692-44947708promoter 内 1664-1680 bp + 2321 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 44950029-44952565(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACCAAAATGACAAAAGT
SmilChr05G000117 Chr05 NC_080391.1:875890-875906promoter 内 1618-1634 bp - 2367 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 870172-873523(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AATTACAAGACAAAAAA
SmilChr01G005711 Chr01 NC_080387.1:73329184-73329200promoter 内 1607-1623 bp - 2378 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 73331578-73334536(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCGCGTTTTT
SmilChr08G000243 Chr08 NC_080394.1:1702246-1702262promoter 内 1591-1607 bp + 2394 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 1678160-1699852(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTCATCTTTTT
SmilChr02G004328 Chr02 NC_080388.1:65559552-65559568promoter 内 1579-1595 bp - 2406 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 65561974-65565788(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACTTTTGTCATTTTGGT
SmilChr08G002730 Chr08 NC_080394.1:26938740-26938756promoter 内 1567-1583 bp + 2418 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 26935693-26936322(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GCTTTTGTCTTGTTTTA
SmilChr02G001665 Chr02 NC_080388.1:30922517-30922533promoter 内 1562-1578 bp - 2423 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 30916630-30920094(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACCAAAATGACAAAAGT
SmilChr03G003417 Chr03 NC_080389.1:52525850-52525866promoter 内 1537-1553 bp - 2448 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 52519592-52523402(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACCAAAATGACAAAAGT
SmilChr01G005728 Chr01 NC_080387.1:73424494-73424510promoter 内 1526-1542 bp + 2459 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 73419687-73422035(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTATTTGTCGTTTGTTA
SmilChr06G003283 Chr06 NC_080392.1:45373976-45373992promoter 内 1501-1517 bp + 2484 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 45376476-45379542(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 GCCAAAATGACAAAATA
SmilChr07G000450 Chr07 NC_080393.1:3179559-3179575promoter 内 1478-1494 bp + 2507 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 3182082-3185392(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TATTATAGGACAAAAAA
SmilChr01G000796 Chr01 NC_080387.1:17232004-17232020promoter 内 1446-1462 bp + 2539 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 17234559-17235347(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATTAAAACGACAAAGCA
SmilChr08G002100 Chr08 NC_080394.1:18875237-18875253promoter 内 1419-1435 bp + 2566 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 18870379-18872671(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACTTTTGTCATTTTGAG
SmilChr01G002170 Chr01 NC_080387.1:37804774-37804790promoter 内 1394-1410 bp - 2591 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 37799636-37802183(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AGGTTAACGACAAAGGA
SmilChr07G002689 Chr07 NC_080393.1:26251722-26251738promoter 内 1376-1392 bp - 2609 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 26254347-26256261(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CATTTTGTCTTCTTTGT
SmilChr04G001783 Chr04 NC_080390.1:29250801-29250817promoter 内 1362-1378 bp - 2623 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 29240628-29248178(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACGAAACCGACAAAGCA
SmilChr04G003381 Chr04 NC_080390.1:50367347-50367363promoter 内 1360-1376 bp + 2625 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 50361686-50364722(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TCTTTTGTCGTGTTAAT
SmilChr08G001361 Chr08 NC_080394.1:10884803-10884819promoter 内 1343-1359 bp - 2642 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 10882086-10882161(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AATCAAAGGACAAAAAA
SmilChr05G001299 Chr05 NC_080391.1:11210509-11210525promoter 内 1339-1355 bp - 2646 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 11213171-11220589(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACTTTTGTCATTTTGAG
SmilChr04G002373 Chr04 NC_080390.1:38235046-38235062promoter 内 1323-1339 bp - 2662 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 38237724-38245084(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TATTTTGTCTTGTAGCA
SmilChr08G002101 Chr08 NC_080394.1:18875237-18875253promoter 内 1302-1318 bp + 2683 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 18877936-18882348(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CTCAAAATGACAAAAGT
SmilChr08G002792 Chr08 NC_080394.1:27624835-27624851promoter 内 1262-1278 bp - 2723 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 27627574-27628949(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGTGTTGTCGTTTATTT
SmilChr06G003209 Chr06 NC_080392.1:44898756-44898772promoter 内 1241-1257 bp + 2744 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 44901516-44903522(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACCAAAATGACAAAAGT
SmilChr08G004454 Chr08 NC_080394.1:54260465-54260481promoter 内 1177-1193 bp - 2808 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 54263289-54268094(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 CCTTTTGTCATTTTGCC
SmilChr01G001719 Chr01 NC_080387.1:31660101-31660117promoter 内 1148-1164 bp - 2837 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 31662954-31664288(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ATTTTTGTTGTTTTGTT
SmilChr02G004569 Chr02 NC_080388.1:68209257-68209273promoter 内 1087-1103 bp - 2898 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 68201051-68206359(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TAAATAAGGACAAAAGC
SmilChr05G002164 Chr05 NC_080391.1:22898287-22898303promoter 内 1077-1093 bp - 2908 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 22901211-22902727(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTTTTTGTCTTGTAATT
SmilChr01G004049 Chr01 NC_080387.1:58943500-58943516promoter 内 1044-1060 bp - 2941 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 58927254-58940559(-) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGCAATACGACAACAAT
SmilChr08G000952 Chr08 NC_080394.1:7099754-7099770promoter 内 938-954 bp + 3047 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 7102817-7104629(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 ACTTAGACGACAAAAGC
SmilChr08G003029 Chr08 NC_080394.1:30430690-30430706promoter 内 912-928 bp + 3073 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 30433779-30435968(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TGTAATACGACAAATAT
SmilChr03G003952 Chr03 NC_080389.1:58572422-58572438promoter 内 844-860 bp - 3141 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 58575579-58580771(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 TTATTTGTCGTCAATTG
SmilChr06G001581 Chr06 NC_080392.1:17238714-17238730promoter 内 738-754 bp - 3247 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 17241977-17243067(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AATTTTGTCTTTTCACT
SmilChr02G005473 Chr02 NC_080388.1:74984430-74984446promoter 内 725-741 bp + 3260 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 74987706-74989538(+) SMil_00008316-RA_Salv MP00592 AATTACAAGACAAAAAA
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