转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004179; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00012156-RA_Salv SmilChr03G004179 WRKY XP_057799230.1 MP00464 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9864 个结合位点 7299 个候选靶基因 第 1 / 146 下载 TSV

1 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001823 Chr04 NC_080390.1:29740418-29740431promoter 内 3583-3596 bp + 405 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 29740836-29745115(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GGCGTTGACTTTTT
SmilChr01G005847 Chr01 NC_080387.1:74436930-74436943promoter 内 2507-2520 bp - 1481 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.7/ 100 1 74432516-74435449(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GGCGTTGACTTTTT
SmilChr01G002358 Chr01 NC_080387.1:40754081-40754094promoter 内 889-902 bp + 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.4/ 100 2 40757193-40758131(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AGCGTTGACTTTTG
SmilChr02G001688 Chr02 NC_080388.1:31114621-31114634promoter 内 1508-1521 bp - 2480 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 31111086-31112141(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AGCGTTGACTTTTT
SmilChr02G001687 Chr02 NC_080388.1:31114621-31114634promoter 内 247-260 bp - 3741 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.2/ 100 1 31109680-31110880(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AGCGTTGACTTTTT
SmilChr03G001261 Chr03 NC_080389.1:14556948-14556961promoter 内 2972-2985 bp - 1016 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 5 14545865-14555932(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GCCGTTGACTTTTT
SmilChr02G000642 Chr02 NC_080388.1:9707432-9707445promoter 内 853-866 bp + 3135 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 2 9710580-9716954(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GACGTTGACTTTTG
SmilChr02G003060 Chr02 NC_080388.1:51413159-51413172promoter 内 1092-1105 bp + 2896 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 51388125-51410263(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CAAAAGTCAACGGT
SmilChr04G001278 Chr04 NC_080390.1:20372766-20372779promoter 内 243-256 bp - 3745 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 20363576-20369021(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACCGTTGACTTTTG
SmilChr01G005346 Chr01 NC_080387.1:70700394-70700407promoter 内 2337-2350 bp - 1651 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 12 70702058-70714857(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CCAAAGTCAACGCT
SmilChr01G003452 Chr01 NC_080387.1:53090770-53090783promoter 内 500-513 bp - 3488 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 2 53086481-53087282(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GCCGTTGACTTTTC
SmilChr02G001749 Chr02 NC_080388.1:32106557-32106570promoter 内 1474-1487 bp + 2514 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 2 32109084-32110010(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GACGTTGACTTTTT
SmilChr03G002958 Chr03 NC_080389.1:46349606-46349619promoter 内 3507-3520 bp + 481 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 2 46350100-46352683(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AGCGTTGACTTTTA
SmilChr02G004276 Chr02 NC_080388.1:64957671-64957684promoter 内 2758-2771 bp + 1230 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 64954210-64956441(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAAAGTCAACGCG
SmilChr01G003595 Chr01 NC_080387.1:54510093-54510106promoter 内 3910-3923 bp + 78 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 3 54509322-54510015(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CAAAAGTCAACGTT
SmilChr02G005108 Chr02 NC_080388.1:72595161-72595174promoter 内 3791-3804 bp + 197 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 72591050-72594964(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAAAGTCAACGAT
SmilChr01G001065 Chr01 NC_080387.1:22009497-22009510promoter 内 2037-2050 bp - 1951 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 22002683-22007546(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACCGTTGACTTTTC
SmilChr01G000971 Chr01 NC_080387.1:20582250-20582263promoter 内 2763-2776 bp + 1225 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 20571972-20581025(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAAAAGTCAACGGT
SmilChr02G003714 Chr02 NC_080388.1:58747088-58747101promoter 内 343-356 bp - 3645 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 58741135-58743443(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATCGTTGACTTTTT
SmilChr01G005695 Chr01 NC_080387.1:73231463-73231476promoter 内 3111-3124 bp + 877 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 73223758-73230586(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GAAAAGTCAACGCG
SmilChr04G002097 Chr04 NC_080390.1:33806828-33806841promoter 内 2993-3006 bp - 995 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 33807836-33814671(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAAAGTCAACGAT
SmilChr04G000069 Chr04 NC_080390.1:626972-626985promoter 内 2435-2448 bp - 1553 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 622735-625419(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATCGTTGACTTTTT
SmilChr01G005696 Chr01 NC_080387.1:73231463-73231476promoter 内 2276-2289 bp + 1712 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 73233188-73241369(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CGCGTTGACTTTTC
SmilChr04G001815 Chr04 NC_080390.1:29643925-29643938promoter 内 2101-2114 bp + 1887 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 29645825-29649899(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATCGTTGACTTTTT
SmilChr03G003439 Chr03 NC_080389.1:52785784-52785797promoter 内 3725-3738 bp + 263 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 52782533-52785521(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGAAAGTCAACGCC
SmilChr01G001434 Chr01 NC_080387.1:28012292-28012305promoter 内 2890-2903 bp + 1098 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 28010553-28011194(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAAAGTCAACGTT
SmilChr01G003216 Chr01 NC_080387.1:50947237-50947250promoter 内 3355-3368 bp + 633 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 50942992-50946604(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACAAAGTCAACGAC
SmilChr03G003963 Chr03 NC_080389.1:58675511-58675524promoter 内 2795-2808 bp + 1193 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 58676717-58685649(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AGCGTTGACTTTGA
SmilChr03G000709 Chr03 NC_080389.1:7885987-7886000promoter 内 3605-3618 bp - 383 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 7878409-7885604(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCCGTTGACTTTTT
SmilChr02G004329 Chr02 NC_080388.1:65566657-65566670promoter 内 2622-2635 bp + 1366 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 65568036-65572115(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCCGTTGACTTTTT
SmilChr03G000710 Chr03 NC_080389.1:7885987-7886000promoter 内 764-777 bp - 3224 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 7889224-7889565(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAAAGTCAACGGA
SmilChr02G003483 Chr02 NC_080388.1:56104917-56104930promoter 内 3818-3831 bp + 170 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 5 56096161-56104747(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CGAAAGTCAACGGT
SmilChr03G002735 Chr03 NC_080389.1:43483885-43483898promoter 内 1700-1713 bp + 2288 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 4 43486186-43490448(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACCGTTGACTTTCG
SmilChr03G000284 Chr03 NC_080389.1:3244758-3244771promoter 内 2790-2803 bp - 1198 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 3 3241316-3243560(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACCGTTGACTTTCG
SmilChr02G002806 Chr02 NC_080388.1:48133681-48133694promoter 内 2725-2738 bp - 1263 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 48125601-48132418(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACCGTTGACTTTCG
SmilChr02G000807 Chr02 NC_080388.1:13506350-13506363promoter 内 236-249 bp - 3752 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 13498082-13502598(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACCGTTGACTTTCG
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SmilChr03G003354 Chr03 NC_080389.1:51865594-51865607promoter 内 2355-2368 bp + 1633 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 51862361-51863961(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CGAAAGTCAACGGT
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