转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 1 / 134 下载 TSV

1 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G000693 Chr05 NC_080391.1:5244332-5244346promoter 内 594-608 bp - 3393 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 5239438-5240939(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGCCGCCGACATCG
SmilChr02G001230 Chr02 NC_080388.1:22597868-22597882promoter 内 3141-3155 bp - 846 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 1 22598728-22601741(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCGGAGG
SmilChr07G001941 Chr07 NC_080393.1:16829100-16829114promoter 内 2967-2981 bp - 1020 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 1 16830134-16834592(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCGGAGG
SmilChr06G001515 Chr06 NC_080392.1:16257587-16257601promoter 内 2814-2828 bp + 1173 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 1 16254121-16256414(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCGGAGG
SmilChr04G002306 Chr04 NC_080390.1:37334579-37334593promoter 内 1627-1641 bp - 2360 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.5/ 100 5 37336953-37339538(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCATGTCGGCGGCGG
SmilChr07G004685 Chr07 NC_080393.1:59806228-59806242promoter 内 767-781 bp + 3220 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.5/ 100 3 59798099-59803008(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCATGTCGGCGGCGG
SmilChr03G003835 Chr03 NC_080389.1:57500015-57500029promoter 内 2311-2325 bp + 1676 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.5/ 100 1 57494674-57498339(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCGAGGG
SmilChr03G001133 Chr03 NC_080389.1:13076004-13076018promoter 内 1665-1679 bp + 2322 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.5/ 100 1 13071779-13073682(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCGAGGG
SmilChr05G000746 Chr05 NC_080391.1:5754807-5754821promoter 内 1501-1515 bp + 2486 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.5/ 100 1 5750942-5752321(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCGAGGG
SmilChr02G003071 Chr02 NC_080388.1:51568041-51568055promoter 内 1632-1646 bp + 2355 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.1/ 100 2 51561803-51565686(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCGGCGA
SmilChr07G002817 Chr07 NC_080393.1:28210783-28210797promoter 内 1379-1393 bp + 2608 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 1 28213405-28215417(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGCCACCGACATCG
SmilChr07G003238 Chr07 NC_080393.1:34341923-34341937promoter 内 1034-1048 bp - 2953 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 1 34338838-34338970(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCGCCGCCGACATCG
SmilChr05G002730 Chr05 NC_080391.1:31446190-31446204promoter 内 1110-1124 bp - 2877 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 4 31449081-31453089(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATGTCGGCGAGGG
SmilChr03G001560 Chr03 NC_080389.1:19676123-19676137promoter 内 1666-1680 bp + 2321 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 19672668-19673802(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCATGTCGGCGGTGG
SmilChr03G001561 Chr03 NC_080389.1:19676123-19676137promoter 内 1427-1441 bp + 2560 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 19678697-19679625(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCACCGCCGACATGG
SmilChr08G000065 Chr08 NC_080394.1:376601-376615promoter 内 2216-2230 bp - 1771 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 371675-374830(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCCTCGCCGACATCG
SmilChr04G003993 Chr04 NC_080390.1:55319413-55319427promoter 内 846-860 bp + 3141 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 55322568-55324194(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTTCGCCGACATCG
SmilChr05G000803 Chr05 NC_080391.1:6281115-6281129promoter 内 2310-2324 bp - 1677 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 6282806-6285049(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTATGTCGGCGAAGG
SmilChr08G000443 Chr08 NC_080394.1:3168775-3168789promoter 内 2023-2037 bp + 1964 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 3163850-3166811(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATGTCGGCGGCGA
SmilChr01G005318 Chr01 NC_080387.1:70423356-70423370promoter 内 1393-1407 bp + 2594 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 70417602-70420762(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCATGTCGGCGGAGG
SmilChr07G001888 Chr07 NC_080393.1:16324919-16324933promoter 内 3635-3649 bp - 352 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 16324486-16324567(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCGTCGCCGACATGG
SmilChr05G001726 Chr05 NC_080391.1:16609206-16609220promoter 内 3233-3247 bp - 754 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 16609974-16612520(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGGCGGTGG
SmilChr02G002379 Chr02 NC_080388.1:41700667-41700681promoter 内 2773-2787 bp - 1214 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 41698427-41699453(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACGCCGCCGACATCA
SmilChr05G000844 Chr05 NC_080391.1:6663216-6663230promoter 内 2668-2682 bp + 1319 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 6664549-6667406(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACTTCGCCGACATCG
SmilChr07G001889 Chr07 NC_080393.1:16324919-16324933promoter 内 2421-2435 bp - 1566 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 16326499-16329728(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCATGTCGGCGACGC
SmilChr06G000667 Chr06 NC_080392.1:5864485-5864499promoter 内 2395-2409 bp - 1592 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 5860015-5862893(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACTTCGCCGACATCG
SmilChr03G004008 Chr03 NC_080389.1:59085245-59085259promoter 内 2123-2137 bp - 1864 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 59087123-59088281(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCGAAGT
SmilChr05G000842 Chr05 NC_080391.1:6663216-6663230promoter 内 1560-1574 bp + 2427 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 6659247-6660789(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCGAAGT
SmilChr08G001422 Chr08 NC_080394.1:11368780-11368794promoter 内 1229-1243 bp - 2758 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 11371552-11375094(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCGAAGT
SmilChr03G004007 Chr03 NC_080389.1:59081657-59081671promoter 内 1126-1140 bp - 2861 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 59084532-59085631(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCGAAGT
SmilChr02G002775 Chr02 NC_080388.1:47811276-47811290promoter 内 769-783 bp - 3218 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 47814508-47817471(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCATGTCGGTGACGG
SmilChr01G005514 Chr01 NC_080387.1:71977235-71977249promoter 内 24-38 bp - 3963 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 71970230-71973272(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCGCCGCCGACATCC
SmilChr05G000924 Chr05 NC_080391.1:7346694-7346708promoter 内 2156-2170 bp + 1831 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 7348539-7350701(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCACCGCCGACATAG
SmilChr01G002880 Chr01 NC_080387.1:47426635-47426649promoter 内 1096-1110 bp + 2891 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 47423642-47423744(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTATGTCGGCGGTGG
SmilChr07G001898 Chr07 NC_080393.1:16407721-16407735promoter 内 237-251 bp + 3750 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 16400611-16403971(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTATGTCGGCGGTGG
SmilChr08G004490 Chr08 NC_080394.1:54528738-54528752promoter 内 3391-3405 bp - 596 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 54529348-54533700(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTATGTCGGCGGTGG
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