转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 5 / 134 下载 TSV

上一页 5 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G003971 Chr08 NC_080394.1:47730094-47730108promoter 内 3090-3104 bp + 897 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 47731005-47732498(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCTCTGCCGACATCA
SmilChr03G000205 Chr03 NC_080389.1:2360926-2360940promoter 内 3043-3057 bp + 944 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 2361884-2363159(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGACCACCGACATCG
SmilChr08G003970 Chr08 NC_080394.1:47730094-47730108promoter 内 3038-3052 bp + 949 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 47726840-47729145(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATGTCGGCAGAGC
SmilChr03G000161 Chr03 NC_080389.1:1772789-1772803promoter 内 3033-3047 bp + 954 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 1773757-1777973(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGACCACCGACATCG
SmilChr03G000284 Chr03 NC_080389.1:3244684-3244698promoter 内 2863-2877 bp - 1124 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 3241316-3243560(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGACCACCGACATCG
SmilChr03G001067 Chr03 NC_080389.1:12382662-12382676promoter 内 2544-2558 bp + 1443 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 12384119-12390927(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGACCACCGACATCG
SmilChr04G000555 Chr04 NC_080390.1:6211169-6211183promoter 内 1731-1745 bp - 2256 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 6207869-6208913(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACGTCACCGACATCA
SmilChr08G003370 Chr08 NC_080394.1:35315582-35315596promoter 内 1670-1684 bp - 2317 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 35317913-35322133(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATGTCGGCAGAGC
SmilChr02G002833 Chr02 NC_080388.1:48472709-48472723promoter 内 1628-1642 bp + 2359 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 48475082-48484788(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCACGGCCGACATAG
SmilChr08G003387 Chr08 NC_080394.1:35608387-35608401promoter 内 1576-1590 bp - 2411 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 35610812-35614781(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATGTCGGCAGAGC
SmilChr06G002821 Chr06 NC_080392.1:40951960-40951974promoter 内 1194-1208 bp - 2793 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 40954767-40956851(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATGTCGGCAGAGC
SmilChr02G002721 Chr02 NC_080388.1:47057396-47057410promoter 内 740-754 bp - 3247 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 47051765-47054149(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGTGCGCCGACATCG
SmilChr08G003972 Chr08 NC_080394.1:47730094-47730108promoter 内 619-633 bp + 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 47733476-47735370(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCTCTGCCGACATCA
SmilChr03G000206 Chr03 NC_080389.1:2360926-2360940promoter 内 570-584 bp + 3417 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 2364357-2367604(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGACCACCGACATCG
SmilChr04G002898 Chr04 NC_080390.1:45271728-45271742promoter 内 223-237 bp - 3764 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 45266190-45267964(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCTCTGCCGACATCA
SmilChr04G001021 Chr04 NC_080390.1:14302616-14302630promoter 内 1315-1329 bp - 2672 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 3 14305302-14306364(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATGTCGGCAGCTG
SmilChr04G001120 Chr04 NC_080390.1:16255541-16255555promoter 内 2415-2429 bp + 1572 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 16252777-16253969(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGTGTCGGCAGCGG
SmilChr07G002121 Chr07 NC_080393.1:19337572-19337586promoter 内 1681-1695 bp - 2306 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 19330697-19335266(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGTCGCCGACATCA
SmilChr07G000790 Chr07 NC_080393.1:5574011-5574025promoter 内 1193-1207 bp - 2794 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 5576819-5579728(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCATGTCGGCGAAAG
SmilChr03G003750 Chr03 NC_080389.1:56561156-56561170promoter 内 755-769 bp + 3232 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 56552003-56557924(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGTGTCGGCAGCGG
SmilChr08G003297 Chr08 NC_080394.1:34084281-34084295promoter 内 3462-3476 bp + 525 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 34084820-34086727(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGCTGCCGACACCG
SmilChr07G002466 Chr07 NC_080393.1:23192643-23192657promoter 内 3454-3468 bp - 533 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 23193190-23199935(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCATGTCGGCGGTGA
SmilChr07G000514 Chr07 NC_080393.1:3609325-3609339promoter 内 3087-3101 bp + 900 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 3610239-3612450(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCGTCGCCGACATGT
SmilChr08G003707 Chr08 NC_080394.1:41627656-41627670promoter 内 2815-2829 bp - 1172 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 41628842-41631743(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGTGTCGGCAGCGG
SmilChr07G002613 Chr07 NC_080393.1:25186042-25186056promoter 内 2694-2708 bp - 1293 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 25180758-25184749(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGCTTGCCGACATGG
SmilChr08G000825 Chr08 NC_080394.1:6101505-6101519promoter 内 2589-2603 bp + 1398 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 6102917-6105899(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGTGGCCGACATAA
SmilChr01G003817 Chr01 NC_080387.1:56531110-56531124promoter 内 2156-2170 bp + 1831 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 56527129-56529279(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGTGTCGGCAGCGG
SmilChr01G001525 Chr01 NC_080387.1:29214127-29214141promoter 内 1719-1733 bp + 2268 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 29209008-29211859(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGTGTCGGCAGCGG
SmilChr03G001686 Chr03 NC_080389.1:22233675-22233689promoter 内 1704-1718 bp + 2283 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 22235972-22236892(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGCTGCCGACACCG
SmilChr02G001199 Chr02 NC_080388.1:22134609-22134623promoter 内 1533-1547 bp + 2454 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 22137077-22137821(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGCTGCCGACACCG
SmilChr01G000419 Chr01 NC_080387.1:8454293-8454307promoter 内 1245-1259 bp + 2742 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 8457049-8457720(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCTTCACCGACATGG
SmilChr05G002160 Chr05 NC_080391.1:22847280-22847294promoter 内 788-802 bp - 3199 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 22841559-22844081(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAGCTGCCGACATCA
SmilChr05G003319 Chr05 NC_080391.1:43490451-43490465promoter 内 638-652 bp - 3349 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 43487031-43487102(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGCTGCCGACACCG
SmilChr03G000310 Chr03 NC_080389.1:3546839-3546853promoter 内 143-157 bp - 3844 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 3539980-3542995(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGTCGCCGACATCA
SmilChr07G003324 Chr07 NC_080393.1:35484501-35484515promoter 内 41-55 bp - 3946 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 35480028-35480555(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGCTGCCGACACCG
SmilChr08G004476 Chr08 NC_080394.1:54378367-54378381promoter 内 2-16 bp - 3985 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 54382366-54385278(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCAATGC
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SmilChr07G003335 Chr07 NC_080393.1:35731236-35731250promoter 内 2884-2898 bp + 1103 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 35732353-35733422(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCTCTGCCGACATCC
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